Para facilitar a organização dos trabalhos, sugere-se que sejam considerados os seguintes pontos:
Título (deve ser curto e preciso), Índice, Sumário, Introdução, Experiência (Metodologia), Discussão (Comparação dos resultados com a teoria), Conclusão (Breve sumário dos Resultados) e Bibliografia utilizada.
A avaliação do Júri ocorre em dois momentos distintos, sendo o primeiro a avaliação documental de todos os trabalhos submetidos a concurso, avaliando-se a estrutura e a apresentação do trabalho, o conteúdo científico e o nível de experimentação, seleccionado então os 100 trabalhos que irão participar na Mostra Nacional de Ciência. O segundo momento decorre durante a Mostra de Ciência, através de entrevista, durante a qual o Júri avalia a apresentação do projecto no stand, a clareza no discurso, o rigor científico, a originalidade e a criatividade.
Os Prémios são atribuídos, por unanimidade, na reunião final do Júri, depois de decorrido todo o processo de análise documental e as entrevistas, não havendo recurso dessa decisão.